Direction

L'IRSS est placé sous la responsabilité d'un Directeur, nommé en Conseil des Ministres sur proposition du Délégué Général du CNRST. Il est chargé de :
- assurer la gestion générale de l'Institut et veille à l'exécution des décisions prises par les organes délibérants, les autorités hiérarchiques et de tutelle;
- assister avec voix consultative aux réunions des organes délibérants ;
- employer du personnel au sens du Code de Travail pour le personnel contractuel de l'Institut. Il exerce un pouvoir hiérarchique sur les autres catégories de personnel ;
- représenter par délégation du DG du CNRST l'Institut dans les actes de la vie civile, notamment à l'égard des tiers et des usagers ;
- soumettre au Conseil scientifique et de gestion un rapport social qui retrace l'évolution des effectifs et de la masse salariale, les contentieux en cours, le plan de formation et de carrière des agents, le programme de recrutement, la liste et le montant des primes et avantages de toute nature accordés en cours d'année au personnel, y compris le Directeur ;
- présenter annuellement les états financiers commentés au Conseil Scientifique et de Gestion et de soumettre à ce dernier un rapport de gestion faisant notamment le point sur l'exécution des budgets et des programmes pluriannuels d'activités et d'investissement.

Direction Scientifique

L'IRSS mène ses activités de recherche à travers deux départements et une Direction Régionale.
- Le département Biomédical et Santé Publique (BIOMED/SP) chargé de développer la recherche dans le domaine de la biologie, de la nutrition, de l'épidémiologie, des politiques et systèmes de santé.
- Le département Médecine, Pharmacopée Traditionnelle et Pharmacie (MEPHATRA/Ph) chargé du développement de la recherche en médecine, pharmacopée traditionnelles et en pharmacie. Chaque département est organisé en unités ou laboratoires de recherche. La Direction Régionale de l'Ouest sise à Bobo coordonne les activités de recherche des deux départements dans l'Ouest du Burkina, principalement en matière de recherche sur le paludisme. L'IRSS dispose en outre de quatre unités de production, chargées de soutenir la recherche ou de valoriser les résultats de celle-ci. Il s'agit de :
- la parcelle expérimentale de culture de plantes médicinales sur laquelle des plantes d'intérêt sont mises en culture ;
- l'animalerie, chargée d'élever des animaux de laboratoire pour les expériences et pour commercialisation ;
- une soufflerie de verre qui fabrique et répare la verrerie de laboratoire.
Les départements sont placés sous la responsabilité d'un chef de département qui assure, sous l'autorité du Directeur Adjoint chargé des Programmes (DAP), l'élaboration et la mise en œuvre des programmes scientifiques et techniques de leur département respectif.
A ce titre, le chef de département est chargé de :
- la gestion technique du secteur, des unités pilotes d'expérimentation relevant de son domaine de compétence ;
- préparer, proposer et suivre l'exécution des budgets mis à la disposition de son département ;
- organiser et suivre au sein de son département, les activités de recherche et d'appui scientifique et technique aux entreprises et aux structures de développement ;
- veiller à la bonne exécution des conventions et accords de recherche de son département ;
- assurer la gestion du matériel scientifique et technique du département ;
- proposer toute création, modification, suppression d'unité de recherche et de production.

U-Pharma

L'unité de production de phytomédicaments et de médicaments génériques (U-PHARMA). Elle fabrique le FACA, (phytomédicament de la crise drépanocytaire), la chloroquine, le paracétamol et l'acide acétylsalicylique.